Изучение генетического разнообразия и популяционной структуры осетинской породы в сравнении с другими породами грубошерстных жирнохвостых овец на основе данных SNP-генотипирования

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Впервые проведен анализ генетического разнообразия осетинской породы овец с использованием полногеномных SNP-профилей в сравнительном аспекте с другими российскими грубошерстными породами. Установлено, что осетинская порода отличается высоким генетическим и аллельным разнообразием. Впервые рассчитаны современные и исторические эффективные размеры популяции осетинской породы. Показаны близкие генетические взаимосвязи между осетинской и карачаевской породами овец, что подтверждается низким значением дифференциации (Fst = 0.009) и формированием единого кластера в структуре генетической сети. Выявлена схожесть популяционной структуры осетинской и карачаевской пород.

Об авторах

Т. Е. Денискова

Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ им. академика Л.К. Эрнста

Автор, ответственный за переписку.
Email: horarka@yandex.ru
Россия, 142132, городской округ Подольск, пос. Дубровицы

А. В. Доцев

Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ им. академика Л.К. Эрнста

Email: n_zinovieva@mail.ru
Россия, 142132, городской округ Подольск, пос. Дубровицы

М. И. Селионова

Российский государственный аграрный университет – МСХА им. К.А. Тимирязева

Email: n_zinovieva@mail.ru
Россия, 127434, Москва

Н. А. Зиновьева

Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ им. академика Л.К. Эрнста

Автор, ответственный за переписку.
Email: n_zinovieva@mail.ru
Россия, 142132, городской округ Подольск, пос. Дубровицы

Список литературы

  1. Калоев Б.А. Скотоводство народов Северного Кавказа: с древнейших времен до начала XX в. М.: Наука, 1993. 227 с.
  2. Агузарова О.М. Из истории овцеводства Осетии // Современная наука: теоретический и практический взгляд. Материалы I Международной научно-практ. конф. ООО “НОУ “Вектор науки”. М.: Перо, 2014. С. 83–86.
  3. Елканова Р.Э. Сравнительная характеристика мясной продуктивности овец грубошерстных пород // Вестник научных трудов молодых ученых, аспирантов, магистрантов и студентов ФГБОУ ВО “Горский государственный аграрный университет”. Владикавказ: Горский гос. аграрный ун-т, 2018. С. 127–128.
  4. Гаджиев З.К., Велибеков Р.А., Мусалаев Х.Х. Состояние и перспективы развития грубошерстного овцеводства на юге России // Овцы, козы, шерстяное дело. 2013. № 2. С. 40–42.
  5. Дунин И.М., Амерханов Х.А., Сафина Г.Ф. и др. Овцеводство России и его племенные ресурсы // Ежегодник по племенной работе в овцеводстве и козоводстве в хозяйствах Российской Федерации (2018 г.). Лесные Поляны, 2019. С. 3–14.
  6. Калоев Б.А. Осетины: историко-этнографическое исследование. М.: Наука, 2004. 472 с.
  7. Ciani E., Crepaldi P., Nicoloso L. et al. Genome-wide analysis of Italian sheep diversity reveals a strong geographic pattern and cryptic relationships between breeds // Anim. Genet. 2014. V. 45. № 2. P. 256–266. https://doi.org/10.1111/age.12106
  8. Beynon S.E., Slavov G.T., Farré M. et al. Population structure and history of the Welsh sheep breeds determined by whole genome genotyping // BMC Genet. 2015. № 16. P. 65. https://doi.org/10.1186/s12863-015-0216-x
  9. Deniskova T., Dotsev A., Lushihina E. et al. Population structure and genetic diversity of sheep breeds in the Kyrgyzstan // Front. Genet. 2019. № 10. P. 1311. https://doi.org/10.3389/fgene.2019.01311
  10. Belabdi I., Ouhrouch A., Lafri M. et al. Genetic homogenization of indigenous sheep breeds in Northwest Africa // Sci. Rep. 2019. V. 9. № 1. P. 7920. https://doi.org/10.1038/s41598-019-44137-y
  11. Rochus C.M., Jonas E., Johansson A.M. Population structure of five native sheep breeds of Sweden estimated with high density SNP genotypes // BMC Genet. 2020. V. 21. № 1. P. 27. https://doi.org/10.1186/s12863-020-0827-8
  12. Paim T.P., Paiva S.R., de Toledo N.M. et al. Origin and population structure of Brazilian hair sheep breeds // Anim. Genet. 2021. V. 52. № 4. P. 492–504. https://doi.org/10.1111/age.13093
  13. Дунин И.М., Данкверт А.Г. Справочник пород и типов сельскохозяйственных животных, разводимых в Российской Федерации. М.: ВНИИплем, 2013. 500 с.
  14. Kijas J.W., Porto-Neto L., Dominik S. et al. Linkage disequilibrium over short physical distances measured in sheep using a high-density SNP chip // Anim. Genet. 2014. V. 45. № 5. P. 754–757. https://doi.org/10.1111/age.12197
  15. Keenan K., McGinnity P., Cross T.F. et al. DiveRsity: An R package for the estimation of population genetics parameters and their associated errors // Methods. Ecol. Evol. 2013. № 4. P. 782–788. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12067
  16. Barbato M., Orozco-terWengel P., Tapio M., Bruford M.W. SNeP: A tool to estimate trends in recent effective population size trajectories using genome-wide SNP data // Front. Genet. 2015. № 6. P. 109. https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00109
  17. Corbin L.J., Liu A.Y., Bishop S.C., Woolliams J.A. Estimation of historical effective population size using linkage disequilibria with marker data // J. Anim. Breed. Genet. 2012. V. 129. № 4. P. 257–270. https://doi.org/10.1111/j.1439-0388.2012.01003.x
  18. Sved J.A., Feldman M.W. Correlation and probability methods for one and two loci // Theor. Popul. Biol. 1973. V. 4. № 1. P. 129–132. https://doi.org/10.1016/0040-5809(73)90008-7
  19. Weir B.S., Cockerham C.C. Estimating F-statistics for the analysis of population structure // Evolution. 1984. V. 38. № 6. P. 1358–1370. https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1984.tb05657.x
  20. Pembleton L.W., Cogan N.O., Forster J.W. StAMPP: An R package for calculation of genetic differentiation and structure of mixed-ploidy level populations // Mol. Ecol. Resour. 2013. V. 13. № 5. P. 946–952. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12129
  21. Chang C.C., Chow C.C., Tellier L.C. et al. Second-generation PLINK: Rising to the challenge of larger and richer datasets // Gigascience. 2015. V. 4. P. 7. https://doi.org/10.1186/s13742-015-0047-8
  22. Wickham H. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. N. Y.: Springer-Verlag, 2009. 212 p.
  23. Huson D.H., Bryant D. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies // Mol. Biol. Evol. 2006. V. 23. № 2. P. 254–267. https://doi.org/10.1093/molbev/msj030
  24. Alexander D.H., Novembre J., Lange K. Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals // Genome. Res. 2009. V. 19. № 9. P. 1655–1664. https://doi.org/10.1101/gr.094052.109
  25. Francis R.M. pophelper: An R package and web app to analyse and visualize population structure // Mol. Ecol. Resour. 2017. V. 17. № 1. P. 27–32. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12509
  26. Ольховская Л.В., Криворучко С.В. Межпородная дифференциация грубошерстных овец Северного Кавказа // Вестник Росс. акад. сельскохозяйственных наук. 2011. № 4. С. 63–65.
  27. Deniskova T., Dotsev A., Selionova M. et al. Biodiversity of Russian local sheep breeds based on pattern of runs of homozygosity // Diversity. 2021. V. 13. № 8. P. 360. https://doi.org/10.3390/d13080360
  28. Igoshin A.V., Deniskova T.E., Yurchenko A.A. et al. Copy number variants in genomes of local sheep breeds from Russia // Anim. Genet. 2022. V. 53. № 1. P. 119–132. https://doi.org/10.1111/age.13163
  29. Рчеулишвили М.Д. К истории овцеводства Грузии. Тбилиси: Госиздат. ГССР, 1953. 220 с.

Дополнительные файлы


© Т.Е. Денискова, А.В. Доцев, М.И. Селионова, Н.А. Зиновьева, 2023